Tim tamu kemudian mendapat masalah pada menit ke-62 saat Evlin Jafarguliyev mendapat kartu merah akibat melanggar Jeremie Frimpong.
Secara mengejutkan, Qarabag yang kalah jumlah pemain justru menggandakan keunggulan pada menit ke-67.
Melalui serangan balik dari sisi kanan, Marko Vesovic mengirimkan umpan silang mendatar untuk disambar Juninho.
Leverkusen menghidupkan harapan menang pada menit ke-72 ketika berhasil memperkecil ketertinggalan.
Umpan silang Grimaldo diteruskan dengan sepakan voli Frimpong untuk mengubah skor menjadi 2-1 masih untuk tim tamu.
Kedua tim masih saling jual-beli serangan sebelum pada menit ke-93, Leverkusen menyamakan kedudukan saat umpan silang mendatar Grimaldo disambar Patrik Schick untuk mengubah skor menjadi 2-2.
Schick menjadi pahlawan Leverkusen pada menit ke-98. Kali ini Schick menerima umpan silang Palacios dengan sundulan untuk membalikkan kedudukan sekaligus mengamankan tiket tim Jerman itu ke fase selanjutnya.
Kemenangan 3-2 tersebut membuat kedudukan agregat menjadi 5-4 untuk Leverkusen, sekaligus memastikan langkah pasukan Xabi Alonso ke fase perempat final.(*)