Pada tahun 1993-1997, ia menduduki posisi Direktur Jenderal Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi.
Hingga akhirnya pada 1997-1998, menempati posisi Deputi Bidang Perencanaan Badan Koordinasi Penanaman Modal.
Perjalanan karirnya berlanjut, namun kali ini sebagai Direktur Utama PLN pada tahun 2000 hingga 2001.
Kemudian ia kembali pernah menjabat sebagai Kepala Badan Pelaksana BRR Aceh-Nias yang bertugas melakukan pemulihan kawasan Aceh dan Nias pasca tsunami 26 Desember 2004.
BACA JUGA:Alasan Jokowi Pakai Dasi Kuning Saat Pergi ke Jepang
BACA JUGA:Warga Lingkar Selatan Kota Jambi Minta Bantu Pemasangan Gas Alam, Naim: Kita Upayakan Terwujud
Kuntoro adalah Kepala Unit Kerja Presiden Bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan (UKP-PPP, atau lebih familiar disebut UKP4) sejak 22 Oktober 2009.
Jepang menganugerahkan Bintang Tanda Jasa the Order of the Rising Sun, Gold and Silver Star kepada Kuntoro atas kontribusinya terhadap hubungan kedua negara.
Anugerah tersebut ia terima pada 13 Mei 2023.
Ia juga mendapat anugerah Bintang Mahaputera Adipradana dari Pemerintah Indonesia pada 13 Agustus 1999. (*)