Kemudian, Presiden mengukuhkan dan melantik Letjen TNI Djon Afriandi sebagai Panglima Komando Pasukan Khusus (Kopassus) TNI AD; Letjen TNI (Mar) Endi Supardi sebagai Panglima Korps Marinir TNI Angkatan Laut; Marsekal Madya TNI Deny Muis sebagai Panglima Korps Pasukan Gerak Cepat TNI Angkatan Udara; dan Marsekal Madya TNI Andyawan Martono Putra Panglima Komando Pertahanan Udara Nasional TNI AU.
Presiden Prabowo juga melantik organisasi baru TNI, yaitu enam komando daerah militer (kodam) baru, yaitu Kodam XIX/Tuanku Tambusai (Riau dan Kepulauan Riau); Kodam XX/Tuanku Imam Bonjol (Sumatera Barat dan Jambi); Kodam XXI/Radin Inten (Lampung dan Bengkulu); Kodam XXII/Tambun Bungai (Kalimantan Tengah dan Kalimantan Selatan); Kodam XXIII/Palaka Wira (Sulawesi Tengah dan Barat); dan Kodam XXIV/Mandala Trikora (Papua Selatan).
Lalu, Komando Daerah TNI Angkatan Laut (Kodaeral) yang merupakan transformasi dari Pangkalan Utama TNI AL (Lantamal), kemudian Komando Daerah Angkatan Udara, Komando Operasi Udara, penambahan tiga grup baru Kopassus, 20 Brigade Infanteri Teritorial Pembangunan TNI AD, 100 Batalyon Infanteri Teritorial Pembangunan TNI AD, Brigade Infanteri Marinir TNI AL, Resimen Komando Korps Pasukan Gerak Cepat TNI AU, Batalyon Infanteri Marinir TNI AL, dan Batalyon Komando Kopasgat TNI AU.